Lo/Alter (Lo et al. (2010)) trekker tilbake sin egen studie med pMLVs og assosiasjon med ME vs kontroller

Lo et al. “Detection of MLV-related virus gene sequences in blood of patients with chronic fatigue syndrome and healthy blood donors” ble publisert i august 2010 og fant opptil fire nye gensekvenser av hittil ukjent gammaretrovirus i blodprøver tatt fra pasienter med ME og opptil ca 7 % av kontrollene var positive. Det har kommet meldinger nå fra flere kilder om at forfatterene bak denne studien trekker den tilbake fra PNAS. Lo/Alter-studien fant ikke XMRV, men altså nye gensekvenser av MLVs og har blitt sett på som en validering av en mulig sammenhehng mellom retrovirus i ME/CFS og mulig underforliggende årsakssammenheng. Studien støttet også opp om Lombardi et al. (2009), altså den orginale XMRV studien i fra Science, som ble trukket tilbake av tidsskriftet lille-julaften 2011.

Begrunnelse for at forfatterene av Lo/alter trekker sin studie er som følger (henter fra her):

The authors wish to note the following: “Although our published findings were reproducible in our laboratory and while there has been no evidence of contamination using sensitive mouse mitochondrial DNA or IAP assays or in testing coded panels, we have the following concerns:

1. The original chronic fatigue syndrome (CFS) patient samples were of insufficient volume to distribute to other laboratories for independent confirmation.
2. Only one (1) of many laboratories has found a similar association between polytropic murine leukemia viruses (pMLV) and CFS and a careful study of 100 CFS patients (2), as well as a coded panel recently constructed by the National Heart, Lung, and Blood Institute (NHLBI) (3), have found no evidence for either xenotropic murine leukemia virus-related virus (XMRV) or pMLVs in CFS patient samples.
3. Our attempts, through collaborations, to demonstrate antibody in affected patients, to isolate the virus by culture, or to show integration sites in the human genome have failed to support the initial findings.
4. While recall of eight patients from the original cohort 15 y later showed pMLV gag sequences in seven, the copy number was very low and phylogenetic analysis showed these sequences were not direct descendents of the original dominant strains (4). Still later samples from four of these patients tested negative in the NHLBI panel. While this result could be explained by viral clearance over time, it fails to support a sustained retroviral infection in human cells.

***

***

Kommentarer:

Som vi kan lese på nettsidene til Research1st skal både Lo og Alter delta med blant annet Mikovits i den store studien til Lipkin, som forventes å bli ferdig i første halvdel av 2012:

Drs. Lo and Alter are participating in the second multi-lab NIH-sponsored study of XMRV/MLVs being coordinated by Dr. Ian Lipkin at Columbia University. Dr. Anthony Komaroff has participated in the selection of patients for the study, along with five other expert CFS physicians. Sample collection is almost complete and results are expected in the first quarter of 2012. The retraction notice refers to prospect for these study results to be “more definitive” than other studies.

We share their expectation and that held by many others that Dr. Lipkin’s study will be the most conclusive test of this hypothesis so far.

It will either breathe new life into the possibility that MLV-related viruses play a role in CFS or it will be the final word that they do not.

*

uansett ser det nå ut til at Lo og Alter trekker tilbake sin studie da de ikke kan reprodusere funnene, og som kjent er det få som har funnet positive prøver i ME/CFS pasienter.

At retrovirus som polytrofe stammer av gammaretroviruser finnes og andre MuLVs er funnet i gjentatte studier hvor det er avslørt høy kontamineringsfare i laboratorier og i cellelinjer.

Til syvende og sist er det da funnet kontaminering i både testutstyr og reagenser som har blitt brukt til testing av HGRV, slik at det er grunn til å tro at det er falsk positive prøver vi snakker om.

prøver utført fra Lillestrøm helseklinikk som har blitt sendt til VIPdx er bedt slettet. Det kom fram under Ottawa-konferansen at testene på laboratoret i USA ikke var helt trygge/validerte. Ved kultivering er forurensingen større.

BWG studien avslørte dessuten at flere av laboratoriene ikke fant gammaretrovirus i ME-pasienters blodprøver og de var heller ikke i stand til å skille mellom pasienter og kontroller i den blinda studien.

Når det gjelder presentasjonene til prof. Kenny De Meirleir i ottawa ville han på spørsmål verken si ja eller nei til om hans prøveresultater var gyldige. serologien fra redlabs i Belgia er sendt til VIPdx, mens co-cultur er utført ved rRedlabs, Belgia. MLV-testen han bruker skal visstnok være den samme som er anvendt i studiene til Lo og Alter.

*

Slik saken er nå avventes Lipkin-studien for å avklare om det finnes muse-relaterte-retrovirus i ME-pasienter.

Hypotese om at retrovirus kan være en underforliggende/mevirkende årsak til ME er ikke over, men det trenger ikke være gamma-retrovirus – det får vi vel muligens svar på om 10 til 20 år i så tilfellet. Vårt menneskelige genom består opptil 8 % endogene retroviruser og der er spekulert i om de kan ha årsak i sykdom. Hvem vet? Det forskes på det om ikke annet….

*****

Hele XMRV-publikasjonen i Science er nå trukket tilbake

Som det fremkommer her har altså Science trukket tilbake hele publikasjonen uten samtykke fra alle forfatterene. Publikasjonen Lombardi et al. (2009) hadde allerede en delvis tilbaketrekking av enkelte delerav forskningsstudien som var i publikasjonen.

Nettside finner du her

***

Dette fremkommer på flere nettsteder 22 desember 2011. I Nature News blog kan vi 22 nov 2011 lese dette:

The controversial paper that linked chronic fatigue syndrome to a virus has been withdrawn by Science.

“Multiple laboratories, including those of the original authors, have failed to reliably detect xenotropic murine leukemia virus–related virus (XMRV) or other murine leukemia virus (MLV)–related viruses in chronic fatigue syndrome (CFS) patients,” says the retraction notice. “In addition, there is evidence of poor quality control in a number of specific experiments in the Report.”

Unusually, Science has decided to retract the paper without the full agreement of the authors. “We note that the majority of the authors have agreed in principle to retract the Report but they have been unable to agree on the wording of their statement. It is Science’s opinion that a retraction signed by all the authors is unlikely to be forthcoming. We are therefore editorially retracting the Report.”

The 2009 paper had already attracted an editorial expression of concern in May that noted that replicating the findings had proven difficult, and it was partially retracted in September after contamination of some samples used was detected.

The full retraction is not unexpected, but will still be a blow to advocates of a link between the virus and CFS, notably Judy Mikovits (whom we profiled in March; see Fighting for a cause). Some scientists have been harshly critical of the original paper — and of the way that debate around the research has descended into a furious argument (see, for example, the Nature editorial Cause for concern).

Mikovits has since become embroiled in a legal case with her former employers, the Whittemore Peterson Institute for Neuro-Immune Disease research centre in Reno, Nevada (see Embattled scientist in theft probe). Other questions have also arisen over accusations that she misrepresented data (see Integrity issue follows fired researcher).

Jonathan Stoye, a retrovirologist at the National Institute for Medical Research in London, said it was “no surprise” that the paper had been retracted. “The writing’s been on the wall for a time and the font’s been getting larger,” he said. “From the time the first contamination papers came out there were suggestions that was the explanation for everyone’s inability to find the virus when they looked for it. I don’t think it can be a surprise that they finally retracted it.”

He added, “Mistakes will happen and science does tend to be self-correcting. It has done that, and actually it’s done that remarkably efficiently [in this case].”

Nature is seeking comment from Mikovits, several of her co-authors, and the Whittemore Peterson Institute. Co-author Frank Ruscetti, a collaborator and former mentor to Mikovits at the US National Cancer Institute in Frederick, Maryland, has declined to comment.

***

Som det fremkommer her har altså Science trukket tilbake hele publikasjonen uten samtykke fra alle forfatterene. Publikasjonen Lombardi et al. (2009) hadde allerede en delvis tilbaketrekking av enkelte delerav forskningsstudien som var i publikasjonen.

Dette kan også leses her på bloggen til virologen Vincent Racaniello

*****

Kan vi stole på Tora Aasland når det gjelder forskning og vitenskap?

Ja , kan man skjønne, hvorfor det ble nødvendig å reagere med undring over innlegget i Tidsskriftets blogg 4 november 2011. Tora Aasland, Forsknings- og høyere utdanningsminister, med innlegget “Kan politikerne stole på vitenskap?”

Blogginnlegget kan du også lese her

Litt av ett eksempel Tora serverer:

“Mitt poeng med overskriften ”Kan politikerne stole på vitenskap?”, er at politikk ikke kan basere seg på enkeltstående forskningsresultater. Forskning rundt opphavet til sykdommen kronisk utmattelsesyndrom kan fungere som et eksempel.

I 2009 publiserte forskergruppen til Judy Mikovits en artikkel i tidsskriftet Science, der man gjennom flere eksperimenter kunne påvise at sykdommen skyldtes en virusinfeksjon. Historien fikk stor oppmerksomhet i media verden rundt. Det kom raskt krav om at resultatet burde få politiske konsekvenser for hvordan samfunnet tilpasser seg sykdommen. Politikerne holdt seg i ro mens forskerne startet arbeidet med finne ut om hypotesen holder mål. Det vet vi nå at den foreløpig ikke gjør. Ingen har klart å finne det samme viruset i tilknytning til pasienter med utmattelsessyndromet. I juli i år ble deler av Mikovits’ originalartikkel trukket tilbake. Ikke på grunn av juks, men på grunn av feil i forsøkene.”

***

Om Tora skulle ha valgt forskning omkring kronisk utmattelsessyndrom er det verdt å vite at det finnes 4000 til 5000 andre som kunne vært brukt som eksempel.

Det hadde kanskje også vært på sin plass å hente frem forskningsstudien som viser akkurat de samme retrovirusene florerer i laboratorier der det produseres vaksiner og at forfattere av studien oppfordrer til varsomhet.

Vi vet at gammaretrovirus finnes og Tora kunne vel kanskje brukt litt mer tid på å finne ut om at der er problemer med testing, kanskje fordi testingen ikke har kommet langt nok i sin teknologiske utvikling.

Vel og jeg tror jeg også foretrekker at det som serveres fra en forskningsminister i det minste kommer med korrekt informasjon:

(…) forskergruppen til Judy Mikovits en artikkel i tidsskriftet Science, der man gjennom flere eksperimenter kunne påvise at sykdommen skyldtes en virusinfeksjon.

Tora? Studien du henviser til sier ikke, hevder ikke og defintivt påviser ikke at ME skyldes en XMRV-infeksjon. Det som ble påvist var at 67 % av ME-pasientene hadde XMRV mot ca 4 % av friske kontroller.

Siden det i ettertid har kommet frem at selve testene er kontaminerte og i høyrisiko for “falsk positiver”, så får vi vel også håpe at den neste generasjonen av HGRV tester i det minste holder laboratoriepersonell trygg….

Hvorvidt HGRV er ett folkehelseproblem er fremdelses en gåte……

*****

- God natt Tora og sov godt

*****